Conda是开放源代码的软件包管理系统和环境管理系统。miniconda是Conda的精简版本，我们一般使用miniconda进行生信上游流程软件的安装。 相比于其他软件下载方式，其优势在于能简单快捷下载软件及其所需的依赖环境，并且为每个流程创建单独的环境，避免软件之间可能引起的冲突。
1. miniconda3的下载安装
- 切换到安装位置（一般为主目录~）， 从中科大镜像下载最新的miniconda3，bash启动安装，一直enter、yes就可以了。
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| wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
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- 若想平时不在conda环境，则需要将.bashrc文件中的conda设置内容注释 。 平时在
/miniconda3/bin/下执行 source activate就可使用conda了。 更便捷的方法是在/.bashrc 下添加 ：
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| alias condaac='source ~/miniconda3/bin/activate'
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设置后使用condaac命令就可以快捷地激活conda环境了
注释掉conda 启动代码，添加alias
2. 设置conda镜像源
依次输入以下命令设置软件镜像源，并展示镜像源地址，一般设下载地址为清华，也可以选择其他。注意，要用 bioconda 源，必须先设置 conda-forge 源，并且 conda-forge 源优先级是最高的
清华：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror
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| conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
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北外镜像：
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| conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
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中科大：
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| conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes
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其他一些命令：
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| conda config --show channels #显示镜像源
conda config --show-sources #显示镜像源
conda config --remove channels https://*** #删除镜像源
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3. 创建流程环境
- 创建rna流程环境，指定python版本为3，同时下载sra-tools 软件
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| conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools
conda env list #查看环境
conda activate rna_p3 #进入conda 环境
conda deactivate #退出当前conda环境
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| conda create -n rna --clone rna_p3
conda remove -n rna_p3 --all
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4. 软件的下载管理
conda安装包在线查询 https://anaconda.org/
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| conda install （-y）软件名 # 安装软件
conda install 软件名=版本号 # 安装特定版本软件
conda search 软件名 #搜索软件
conda list # 列出已安装软件
conda update 软件名 #更新软件
conda remove 软件名 #卸载软件
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5. 在脚本中切换conda环境
若想在脚本中切换conda环境，脚本内容如下，脚本执行完后会自动退回当前环境
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| source ~/miniconda3/bin/activate rna_p3
conda info --envs
#####命令
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或者先在脚本执行source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh，再使用conda命令
6. 环境迁移：导出安装包列表成为yaml文件
如果想要迁移环境中的安装包到其他计算机上，可以导出yaml文件
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| conda env export --file rna_p3_env.yaml --name rna_p3
conda env create -f rna_p3_env.yaml
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